El Instituto de Estudios Hispánicos de Comillas se diferenciará mediante el desarrollo de un programa integral que, además de facilitar un conocimiento sólido del idioma español en sus diversas modalidades y garantizar un mayor valor añadido en el proceso de aprendizaje del alumno gracias a la variedad de actividades culturales y deportivas que lo enriquecerán, ayudará a éste en su orientación profesional a través de la realización de prácticas en el mundo empresarial o docente.

El Instituto orientará su actividad hacia tres tipos de público objetivo: profesionales (directivos de empresas y grupos de profesionales), investigadores (jóvenes hispanistas e investigadores de la lengua y cultura española) y estudiantes de lengua y cultura españolas (profesores de español como lengua extranjera, alumnos de lengua y cultura española, traductores, alumnos no presenciales, inmigrantes residentes en España y la Escuela de Artes Escénicas Marqués de Comillas).

Teniendo en cuenta los rasgos propios de estos distintos públicos, el programa del Instituto se estructura en torno a cuatro bloques de actividad que, a su vez, definirán la oferta integral y diferenciada de la institución académica:

Actividades académicas: cursos intensivos de cultura y negocios, encuentros de jóvenes hispanistas, máster y experto en lengua y cultura españolas, diploma en lengua y cultura españolas, máster y experto en traducción español-otras lenguas, escuela de Artes Escénicas Marqués de Comillas u oferta en Internet a través de e-Comillas, entre otras actividades.

Actividades Culturales: congresos, jornadas y seminarios científicos-empresariales, conferencias divulgativas, filmoteca o actividades turísticas, entre otras.

Actividades Deportivas: golf, vela, esquí, aventura, deporte ecuestre, remo y otros.

Actividades post-académicas: convenios de prácticas con institutos y empresas internacionales, así como becas de movilidad. 

Los inmuebles de la antigua Universidad Pontificia de Comillas, carentes actualmente de actividad alguna, deben reformarse para su uso docente y de residencia de estudiantes. Así, se estima que la inversión inicial para la rehabilitación del Seminario Mayor, de gran valor histórico, es de 49.000.000 €. De esta forma, con el resto de las actuaciones se prevé una inversión de 109 millones de euros, que se financiarán vía aportaciones de la Administración Pública y de empresas privadas.

Una vez que se inicie la actividad académica y residencial en el Instituto de Estudios Hispánicos de Comillas, deben afrontarse una serie de gastos de funcionamiento, entre los que destacan los gastos de personas, gastos de bienes corrientes y servicios, gastos docentes y dotaciones a la amortización. El conjunto de gastos, 17.700.000 euros, se financiarán a través de ingresos por matrícula, ayudas de la Administración Pública, ayudas de empresas privadas y concesiones varias.